勇者クロノアとしての旅を始めたクロエとヒナタ。長い旅路の中で、ルベリオスの建国、西方諸国評議会の発足と、少しずつ世界は２人の知る時代へと進んでいく。そして伝説の通り、ジュラの大森林でヴェルドラを封印するクロノア。しかしそれは、クロエが異世界から転移してくる時間が迫っていることを示していた。同じ時代に同じ魂は存在できない。やがてクロエの意識が眠り、ひとりになったヒナタは未来の師であるシズエと出会う。